Running ‘spelling.R’ [0s/0s]
  Running ‘testthat.R’ [24s/29s]
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Complete output:
  > library(testthat)
  > library(gtreg)
  
  Attaching package: 'gtreg'
  
  The following object is masked from 'package:testthat':
  
      matches
  
  > 
  > test_check("gtreg")
  [ FAIL 11 | WARN 34 | SKIP 4 | PASS 65 ]
  
  ══ Skipped tests (4) ═══════════════════════════════════════════════════════════
  • On CRAN (4): 'test-add_overall.R:1:1', 'test-tbl_ae.R:1:1',
    'test-tbl_ae_count.R:1:1', 'test-tbl_ae_focus.R:1:1'
  
  ══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════
  ── Error ('test-inline_text.R:2:3'): inline text works ─────────────────────────
  <dplyr:::mutate_error/rlang_error/error/condition>
  Error in `dplyr::mutate(.data = df_groups_and_variable, df_stats = list(dplyr::bind_rows(dplyr::group_map(dplyr::group_by(dplyr::filter(df_variable_stats, 
      !.data$variable_level %in% list(NULL)), .data$variable_level), 
      function(df_variable_level_stats, df_variable_levels) {
          dplyr::mutate(.data = df_variable_levels, stat = map(str_statistic_pre_glue, 
              function(str_to_glue) {
                  stat <- as.character(glue::glue(str_to_glue, 
                    .envir = c(cards::get_ard_statistics(df_variable_level_stats, 
                      .column = "stat_fmt"), lst_variable_stats)))
              }), label = map_chr(.data$variable_level, as.character))
      }))))`: i In argument: `df_stats = list(...)`.
  Caused by error in `dplyr::mutate()`:
  i In argument: `stat = map(...)`.
  Caused by error in `glue_data()`:
  ! is.environment(.envir) is not TRUE
  ── Error ('test-modify_header.R:2:3'): modify_header() works ───────────────────
  <dplyr:::mutate_error/rlang_error/error/condition>
  Error in `dplyr::mutate(., tbl = switch(.parent_fun, tbl_strata = map(.data$data, 
      .tbl_fun, ...), tbl_strata2 = map2(.data$data, .data$header, 
      .tbl_fun, ...)))`: i In argument: `tbl = switch(...)`.
  Caused by error in `dplyr::mutate()`:
  i In argument: `df_stats = list(...)`.
  Caused by error in `dplyr::mutate()`:
  i In argument: `stat = map(...)`.
  Caused by error in `glue_data()`:
  ! is.environment(.envir) is not TRUE
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─... %>% ... at test-modify_header.R:2:3
    2. ├─gtreg::tbl_ae(...)
    3. │ └─gtreg:::.construct_summary_table(...)
    4. │   └─gtsummary::tbl_strata(...)
    5. │     └─gtsummary:::tbl_strata_internal(...)
    6. │       └─... %>% ...
    7. ├─dplyr::mutate(...)
    8. ├─dplyr:::mutate.data.frame(...)
    9. │ └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by)
   10. │   ├─base::withCallingHandlers(...)
   11. │   └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns)
   12. │     └─mask$eval_all_mutate(quo)
   13. │       └─dplyr (local) eval()
   14. ├─gtsummary:::map(.data$data, .tbl_fun, ...)
   15. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
   16. │   └─gtreg (local) FUN(X[[i]], ...)
   17. │     └─gtreg (local) .final_summary_fun(data = .x)
   18. │       └─gtreg:::.build_single_summary_table(...)
   19. │         ├─... %>% gtsummary::tbl_butcher()
   20. │         └─gtsummary::tbl_summary(...)
   21. │           ├─base::structure(...)
   22. │           ├─base::append(...)
   23. │           └─gtsummary::brdg_summary(...)
   24. │             ├─dplyr::left_join(...)
   25. │             ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   26. │             │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   27. │             │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   28. │             │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   29. │             │     └─base::is.data.frame(y)
   30. │             ├─dplyr::bind_rows(...)
   31. │             │ └─rlang::list2(...)
   32. │             └─gtsummary::pier_summary_categorical(...)
   33. │               ├─... %>% ...
   34. │               ├─dplyr::bind_rows(...)
   35. │               │ └─rlang::list2(...)
   36. │               ├─dplyr::group_map(...)
   37. │               └─dplyr:::group_map.data.frame(...)
   38. │                 └─dplyr:::map2(chunks, group_keys, .f, ...)
   39. │                   └─base::mapply(.f, .x, .y, MoreArgs = list(...), SIMPLIFY = FALSE)
   40. │                     └─gtsummary (local) `<fn>`(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]])
   41. │                       ├─dplyr::mutate(...)
   42. │                       └─dplyr:::mutate.data.frame(...)
   43. │                         └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by)
   44. │                           ├─base::withCallingHandlers(...)
   45. │                           └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns)
   46. │                             └─mask$eval_all_mutate(quo)
   47. │                               └─dplyr (local) eval()
   48. ├─gtsummary::tbl_butcher(.)
   49. │ └─gtsummary:::check_class(x, "gtsummary")
   50. ├─gtreg:::.replace_zero_with_NA(., zero_symbol = zero_symbol)
   51. │ └─dplyr::filter(...)
   52. ├─gtreg:::.hide_unobserved_columns(., columns = columns_to_hide)
   53. │ ├─base::unique(...)
   54. │ ├─dplyr::pull(...)
   55. │ └─dplyr::filter(...)
   56. ├─gtreg:::.relocate_missing_column(., missing_location = missing_location)
   57. ├─gtreg:::.add_modify_stat_data(.)
   58. │ └─tbl$table_styling$header %>% ...
   59. ├─dplyr::mutate(...)
   60. ├─gtsummary::modify_header(...)
   61. ├─gtsummary::remove_row_type(., type = "header")
   62. ├─dplyr::left_join(...)
   63. ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   64. │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   65. │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   66. │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   67. │     └─base::is.data.frame(y)
   68. ├─dplyr::bind_rows(...)
   69. │ └─rlang::list2(...)
   70. ├─dplyr::group_map(...)
   71. ├─dplyr:::group_map.data.frame(...)
   72. │ └─dplyr:::map2(chunks, group_keys, .f, ...)
   73. │   └─base::mapply(.f, .x, .y, MoreArgs = list(...), SIMPLIFY = FALSE)
   74. │     └─gtsummary (local) `<fn>`(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]])
   75. │       ├─dplyr::mutate(...)
   76. │       └─dplyr:::mutate.data.frame(...)
   77. │         └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by)
   78. │           ├─base::withCallingHandlers(...)
   79. │           └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns)
   80. │             └─mask$eval_all_mutate(quo)
   81. │               └─dplyr (local) eval()
   82. ├─gtsummary:::map(...)
   83. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
   84. │   └─gtsummary (local) FUN(X[[i]], ...)
   85. │     └─glue::glue(...)
   86. │       └─glue::glue_data(...)
   87. │         └─base::stopifnot(is.environment(.envir))
   88. │           └─base::stop(simpleError(msg, call = if (p <- sys.parent(1L)) sys.call(p)))
   89. ├─dplyr (local) `<fn>`(`<smplErrr>`)
   90. │ └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
   91. │   └─rlang:::signal_abort(cnd, .file)
   92. │     └─base::signalCondition(cnd)
   93. ├─dplyr (local) `<fn>`(`<dply:::_>`)
   94. │ └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
   95. │   └─rlang:::signal_abort(cnd, .file)
   96. │     └─base::signalCondition(cnd)
   97. └─dplyr (local) `<fn>`(`<dply:::_>`)
   98.   └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
  ── Failure ('test-style_xxx.R:22:3'): style_xxx works with tbl_ae family ───────
  `... <- NULL` threw an unexpected error.
  Message: i In argument: `df_stats = list(...)`.
  Caused by error in `dplyr::mutate()`:
  i In argument: `stat = map(...)`.
  Caused by error in `glue_data()`:
  ! is.environment(.envir) is not TRUE
  Class:   dplyr:::mutate_error/rlang_error/error/condition
  ── Failure ('test-style_xxx.R:38:3'): style_xxx works with tbl_ae family ───────
  `... <- NULL` threw an unexpected error.
  Message: i In argument: `df_stats = list(...)`.
  Caused by error in `dplyr::mutate()`:
  i In argument: `stat = map(...)`.
  Caused by error in `glue_data()`:
  ! is.environment(.envir) is not TRUE
  Class:   dplyr:::mutate_error/rlang_error/error/condition
  ── Failure ('test-style_xxx.R:52:3'): style_xxx works with tbl_ae family ───────
  `... <- NULL` threw an unexpected error.
  Message: i In index: 1.
  i With name: any_complication.
  Caused by error in `dplyr::mutate()`:
  i In argument: `df_stats = list(...)`.
  Caused by error in `dplyr::mutate()`:
  i In argument: `stat = map(...)`.
  Caused by error in `glue_data()`:
  ! is.environment(.envir) is not TRUE
  Class:   purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition
  Backtrace:
        ▆
     1. ├─testthat::expect_error(...) at test-style_xxx.R:52:3
     2. │ └─testthat:::expect_condition_matching(...)
     3. │   └─testthat:::quasi_capture(...)
     4. │     ├─testthat (local) .capture(...)
     5. │     │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │     └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
     7. ├─... %>% modify_spanning_header(all_ae_cols() ~ "**N = xx**")
     8. ├─gtsummary::modify_spanning_header(., all_ae_cols() ~ "**N = xx**")
     9. ├─gtreg::tbl_ae_focus(...)
    10. │ └─... %>% gtsummary::tbl_merge(tab_spanner = FALSE)
    11. ├─gtsummary::tbl_merge(., tab_spanner = FALSE)
    12. ├─purrr::imap(...)
    13. │ └─purrr::map2(.x, vec_index(.x), .f, ...)
    14. │   └─purrr:::map2_("list", .x, .y, .f, ..., .progress = .progress)
    15. │     ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
    16. │     │ └─base::withCallingHandlers(...)
    17. │     ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
    18. │     └─gtreg (local) .f(.x[[i]], .y[[i]], ...)
    19. │       └─gtreg:::.construct_summary_table(...)
    20. │         └─gtreg (local) .final_summary_fun(data)
    21. │           └─gtreg:::.build_single_summary_table(...)
    22. │             ├─... %>% gtsummary::tbl_butcher()
    23. │             └─gtsummary::tbl_summary(...)
    24. │               ├─base::structure(...)
    25. │               ├─base::append(...)
    26. │               └─gtsummary::brdg_summary(...)
    27. │                 ├─dplyr::left_join(...)
    28. │                 ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
    29. │                 │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
    30. │                 │   ├─dplyr::same_src(x, y)
    31. │                 │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
    32. │                 │     └─base::is.data.frame(y)
    33. │                 ├─dplyr::bind_rows(...)
    34. │                 │ └─rlang::list2(...)
    35. │                 └─gtsummary::pier_summary_categorical(...)
    36. │                   ├─... %>% ...
    37. │                   ├─dplyr::bind_rows(...)
    38. │                   │ └─rlang::list2(...)
    39. │                   ├─dplyr::group_map(...)
    40. │                   └─dplyr:::group_map.data.frame(...)
    41. │                     └─dplyr:::map2(chunks, group_keys, .f, ...)
    42. │                       └─base::mapply(.f, .x, .y, MoreArgs = list(...), SIMPLIFY = FALSE)
    43. │                         └─gtsummary (local) `<fn>`(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]])
    44. │                           ├─dplyr::mutate(...)
    45. │                           └─dplyr:::mutate.data.frame(...)
    46. │                             └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by)
    47. │                               ├─base::withCallingHandlers(...)
    48. │                               └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns)
    49. │                                 └─mask$eval_all_mutate(quo)
    50. │                                   └─dplyr (local) eval()
    51. ├─gtsummary::tbl_butcher(.)
    52. │ └─gtsummary:::check_class(x, "gtsummary")
    53. ├─gtreg:::.replace_zero_with_NA(., zero_symbol = zero_symbol)
    54. │ └─dplyr::filter(...)
    55. ├─gtreg:::.hide_unobserved_columns(., columns = columns_to_hide)
    56. │ ├─base::unique(...)
    57. │ ├─dplyr::pull(...)
    58. │ └─dplyr::filter(...)
    59. ├─gtreg:::.relocate_missing_column(., missing_location = missing_location)
    60. ├─gtreg:::.add_modify_stat_data(.)
    61. │ └─tbl$table_styling$header %>% ...
    62. ├─dplyr::mutate(...)
    63. ├─gtsummary::modify_header(...)
    64. ├─gtsummary::remove_row_type(., type = "header")
    65. ├─dplyr::left_join(...)
    66. ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
    67. │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
    68. │   ├─dplyr::same_src(x, y)
    69. │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
    70. │     └─base::is.data.frame(y)
    71. ├─dplyr::bind_rows(...)
    72. │ └─rlang::list2(...)
    73. ├─dplyr::group_map(...)
    74. ├─dplyr:::group_map.data.frame(...)
    75. │ └─dplyr:::map2(chunks, group_keys, .f, ...)
    76. │   └─base::mapply(.f, .x, .y, MoreArgs = list(...), SIMPLIFY = FALSE)
    77. │     └─gtsummary (local) `<fn>`(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]])
    78. │       ├─dplyr::mutate(...)
    79. │       └─dplyr:::mutate.data.frame(...)
    80. │         └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by)
    81. │           ├─base::withCallingHandlers(...)
    82. │           └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns)
    83. │             └─mask$eval_all_mutate(quo)
    84. │               └─dplyr (local) eval()
    85. ├─gtsummary:::map(...)
    86. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
    87. │   └─gtsummary (local) FUN(X[[i]], ...)
    88. │     └─glue::glue(...)
    89. │       └─glue::glue_data(...)
    90. │         └─base::stopifnot(is.environment(.envir))
    91. │           └─base::stop(simpleError(msg, call = if (p <- sys.parent(1L)) sys.call(p)))
    92. ├─dplyr (local) `<fn>`(`<smplErrr>`)
    93. │ └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
    94. │   └─rlang:::signal_abort(cnd, .file)
    95. │     └─base::signalCondition(cnd)
    96. ├─dplyr (local) `<fn>`(`<dply:::_>`)
    97. │ └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
    98. │   └─rlang:::signal_abort(cnd, .file)
    99. │     └─base::signalCondition(cnd)
   100. └─purrr (local) `<fn>`(`<dply:::_>`)
   101.   └─cli::cli_abort(...)
   102.     └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-style_xxx.R:67:3'): style_xxx works with tbl_ae family ─────────
  Error: object 't1' not found
  Backtrace:
      ▆
   1. └─testthat::expect_snapshot(as.data.frame(t1)) at test-style_xxx.R:67:3
   2.   └─rlang::cnd_signal(state$error)
  ── Failure ('test-style_xxx.R:76:3'): style_xxx works with tbl_reg_summary ─────
  `... <- NULL` threw an unexpected error.
  Message: i In argument: `stat = list(...)`.
  Caused by error in `glue_data()`:
  ! is.environment(.envir) is not TRUE
  Class:   dplyr:::mutate_error/rlang_error/error/condition
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─testthat::expect_error(...) at test-style_xxx.R:76:3
    2. │ └─testthat:::expect_condition_matching(...)
    3. │   └─testthat:::quasi_capture(...)
    4. │     ├─testthat (local) .capture(...)
    5. │     │ └─base::withCallingHandlers(...)
    6. │     └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
    7. ├─... %>% modify_header(stat_0 ~ "**N = xx**")
    8. ├─gtsummary::modify_header(., stat_0 ~ "**N = xx**")
    9. ├─gtreg::tbl_reg_summary(...)
   10. │ ├─... %>% ...
   11. │ ├─gtsummary::with_gtsummary_theme(...)
   12. │ │ └─rlang::eval_tidy(...)
   13. │ └─gtsummary::tbl_summary(...)
   14. │   ├─base::structure(...)
   15. │   ├─base::append(...)
   16. │   └─gtsummary::brdg_summary(...)
   17. │     ├─dplyr::left_join(...)
   18. │     ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   19. │     │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   20. │     │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   21. │     │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   22. │     │     └─base::is.data.frame(y)
   23. │     ├─dplyr::bind_rows(...)
   24. │     │ └─rlang::list2(...)
   25. │     └─gtsummary::pier_summary_continuous2(...)
   26. │       ├─... %>% ...
   27. │       ├─dplyr::bind_rows(...)
   28. │       │ └─rlang::list2(...)
   29. │       ├─dplyr::group_map(...)
   30. │       └─dplyr:::group_map.data.frame(...)
   31. │         └─dplyr:::map2(chunks, group_keys, .f, ...)
   32. │           └─base::mapply(.f, .x, .y, MoreArgs = list(...), SIMPLIFY = FALSE)
   33. │             └─gtsummary (local) `<fn>`(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]])
   34. │               ├─dplyr::mutate(...)
   35. │               └─dplyr:::mutate.data.frame(...)
   36. │                 └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by)
   37. │                   ├─base::withCallingHandlers(...)
   38. │                   └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns)
   39. │                     └─mask$eval_all_mutate(quo)
   40. │                       └─dplyr (local) eval()
   41. ├─base::structure(...)
   42. ├─dplyr::left_join(...)
   43. ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   44. │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   45. │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   46. │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   47. │     └─base::is.data.frame(y)
   48. ├─gtsummary:::map(...)
   49. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
   50. │   └─gtsummary (local) FUN(X[[i]], ...)
   51. │     └─glue::glue(...)
   52. │       └─glue::glue_data(...)
   53. │         └─base::stopifnot(is.environment(.envir))
   54. │           └─base::stop(simpleError(msg, call = if (p <- sys.parent(1L)) sys.call(p)))
   55. └─dplyr (local) `<fn>`(`<smplErrr>`)
   56.   └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
  ── Failure ('test-style_xxx.R:90:3'): style_xxx works with tbl_reg_summary ─────
  `... <- NULL` threw an unexpected error.
  Message: i In argument: `stat = list(...)`.
  Caused by error in `glue_data()`:
  ! is.environment(.envir) is not TRUE
  Class:   dplyr:::mutate_error/rlang_error/error/condition
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─testthat::expect_error(...) at test-style_xxx.R:90:3
    2. │ └─testthat:::expect_condition_matching(...)
    3. │   └─testthat:::quasi_capture(...)
    4. │     ├─testthat (local) .capture(...)
    5. │     │ └─base::withCallingHandlers(...)
    6. │     └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
    7. ├─... %>% modify_header(stat_0 ~ "**N = xx**")
    8. ├─gtsummary::modify_header(., stat_0 ~ "**N = xx**")
    9. ├─gtreg::tbl_reg_summary(...)
   10. │ ├─... %>% ...
   11. │ ├─gtsummary::with_gtsummary_theme(...)
   12. │ │ └─rlang::eval_tidy(...)
   13. │ └─gtsummary::tbl_summary(...)
   14. │   ├─base::structure(...)
   15. │   ├─base::append(...)
   16. │   └─gtsummary::brdg_summary(...)
   17. │     ├─dplyr::left_join(...)
   18. │     ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   19. │     │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   20. │     │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   21. │     │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   22. │     │     └─base::is.data.frame(y)
   23. │     ├─dplyr::bind_rows(...)
   24. │     │ └─rlang::list2(...)
   25. │     └─gtsummary::pier_summary_continuous2(...)
   26. │       ├─... %>% ...
   27. │       ├─dplyr::bind_rows(...)
   28. │       │ └─rlang::list2(...)
   29. │       ├─dplyr::group_map(...)
   30. │       └─dplyr:::group_map.data.frame(...)
   31. │         └─dplyr:::map2(chunks, group_keys, .f, ...)
   32. │           └─base::mapply(.f, .x, .y, MoreArgs = list(...), SIMPLIFY = FALSE)
   33. │             └─gtsummary (local) `<fn>`(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]])
   34. │               ├─dplyr::mutate(...)
   35. │               └─dplyr:::mutate.data.frame(...)
   36. │                 └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by)
   37. │                   ├─base::withCallingHandlers(...)
   38. │                   └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns)
   39. │                     └─mask$eval_all_mutate(quo)
   40. │                       └─dplyr (local) eval()
   41. ├─base::structure(...)
   42. ├─dplyr::left_join(...)
   43. ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   44. │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   45. │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   46. │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   47. │     └─base::is.data.frame(y)
   48. ├─gtsummary:::map(...)
   49. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
   50. │   └─gtsummary (local) FUN(X[[i]], ...)
   51. │     └─glue::glue(...)
   52. │       └─glue::glue_data(...)
   53. │         └─base::stopifnot(is.environment(.envir))
   54. │           └─base::stop(simpleError(msg, call = if (p <- sys.parent(1L)) sys.call(p)))
   55. └─dplyr (local) `<fn>`(`<smplErrr>`)
   56.   └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
  ── Error ('test-style_xxx.R:110:3'): style_xxx works with tbl_reg_summary ──────
  Error: object 't4' not found
  Backtrace:
      ▆
   1. └─testthat::expect_snapshot(as.data.frame(t4)) at test-style_xxx.R:110:3
   2.   └─rlang::cnd_signal(state$error)
  ── Failure ('test-tbl_reg_summary.R:2:3'): tbl_reg_summary works ───────────────
  ``%>%`(...)` threw an unexpected error.
  Message: i In argument: `stat = list(...)`.
  Caused by error in `glue_data()`:
  ! is.environment(.envir) is not TRUE
  Class:   dplyr:::mutate_error/rlang_error/error/condition
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─testthat::expect_error(...) at test-tbl_reg_summary.R:2:3
    2. │ └─testthat:::expect_condition_matching(...)
    3. │   └─testthat:::quasi_capture(...)
    4. │     ├─testthat (local) .capture(...)
    5. │     │ └─base::withCallingHandlers(...)
    6. │     └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
    7. ├─df_patient_characteristics %>% ...
    8. ├─gtreg::tbl_reg_summary(., by = trt, include = c(marker, status))
    9. │ ├─... %>% ...
   10. │ ├─gtsummary::with_gtsummary_theme(...)
   11. │ │ └─rlang::eval_tidy(...)
   12. │ └─gtsummary::tbl_summary(...)
   13. │   ├─base::structure(...)
   14. │   ├─base::append(...)
   15. │   └─gtsummary::brdg_summary(...)
   16. │     ├─dplyr::left_join(...)
   17. │     ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   18. │     │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   19. │     │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   20. │     │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   21. │     │     └─base::is.data.frame(y)
   22. │     ├─dplyr::bind_rows(...)
   23. │     │ └─rlang::list2(...)
   24. │     └─gtsummary::pier_summary_continuous2(...)
   25. │       ├─... %>% ...
   26. │       ├─dplyr::bind_rows(...)
   27. │       │ └─rlang::list2(...)
   28. │       ├─dplyr::group_map(...)
   29. │       └─dplyr:::group_map.data.frame(...)
   30. │         └─dplyr:::map2(chunks, group_keys, .f, ...)
   31. │           └─base::mapply(.f, .x, .y, MoreArgs = list(...), SIMPLIFY = FALSE)
   32. │             └─gtsummary (local) `<fn>`(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]])
   33. │               ├─dplyr::mutate(...)
   34. │               └─dplyr:::mutate.data.frame(...)
   35. │                 └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by)
   36. │                   ├─base::withCallingHandlers(...)
   37. │                   └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns)
   38. │                     └─mask$eval_all_mutate(quo)
   39. │                       └─dplyr (local) eval()
   40. ├─base::structure(...)
   41. ├─dplyr::left_join(...)
   42. ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   43. │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   44. │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   45. │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   46. │     └─base::is.data.frame(y)
   47. ├─gtsummary:::map(...)
   48. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
   49. │   └─gtsummary (local) FUN(X[[i]], ...)
   50. │     └─glue::glue(...)
   51. │       └─glue::glue_data(...)
   52. │         └─base::stopifnot(is.environment(.envir))
   53. │           └─base::stop(simpleError(msg, call = if (p <- sys.parent(1L)) sys.call(p)))
   54. └─dplyr (local) `<fn>`(`<smplErrr>`)
   55.   └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
  ── Error ('test-tbl_reg_summary.R:9:3'): tbl_reg_summary works ─────────────────
  <dplyr:::mutate_error/rlang_error/error/condition>
  Error in `dplyr::mutate(.data = .y, stat = list(map(statistic[[.y$variable[1]]], 
      function(str_to_glue) {
          stat <- as.character(glue::glue(str_to_glue, .envir = cards::get_ard_statistics(.x, 
              .column = "stat_fmt")))
      })), label = list(map(statistic[[.y$variable[1]]], function(str_to_glue) {
      label <- as.character(glue::glue(str_to_glue, .envir = cards::get_ard_statistics(.x, 
          .column = "stat_label")))
  })))`: i In argument: `stat = list(...)`.
  Caused by error in `glue_data()`:
  ! is.environment(.envir) is not TRUE
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─testthat::expect_message(...) at test-tbl_reg_summary.R:9:3
    2. │ └─testthat:::expect_condition_matching(...)
    3. │   └─testthat:::quasi_capture(...)
    4. │     ├─testthat (local) .capture(...)
    5. │     │ └─base::withCallingHandlers(...)
    6. │     └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
    7. ├─df_patient_characteristics %>% ...
    8. ├─gtreg::tbl_reg_summary(., by = trt, include = c(marker, status))
    9. │ ├─... %>% ...
   10. │ ├─gtsummary::with_gtsummary_theme(...)
   11. │ │ └─rlang::eval_tidy(...)
   12. │ └─gtsummary::tbl_summary(...)
   13. │   ├─base::structure(...)
   14. │   ├─base::append(...)
   15. │   └─gtsummary::brdg_summary(...)
   16. │     ├─dplyr::left_join(...)
   17. │     ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   18. │     │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   19. │     │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   20. │     │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   21. │     │     └─base::is.data.frame(y)
   22. │     ├─dplyr::bind_rows(...)
   23. │     │ └─rlang::list2(...)
   24. │     └─gtsummary::pier_summary_continuous2(...)
   25. │       ├─... %>% ...
   26. │       ├─dplyr::bind_rows(...)
   27. │       │ └─rlang::list2(...)
   28. │       ├─dplyr::group_map(...)
   29. │       └─dplyr:::group_map.data.frame(...)
   30. │         └─dplyr:::map2(chunks, group_keys, .f, ...)
   31. │           └─base::mapply(.f, .x, .y, MoreArgs = list(...), SIMPLIFY = FALSE)
   32. │             └─gtsummary (local) `<fn>`(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]])
   33. │               ├─dplyr::mutate(...)
   34. │               └─dplyr:::mutate.data.frame(...)
   35. │                 └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by)
   36. │                   ├─base::withCallingHandlers(...)
   37. │                   └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns)
   38. │                     └─mask$eval_all_mutate(quo)
   39. │                       └─dplyr (local) eval()
   40. ├─base::structure(...)
   41. ├─dplyr::left_join(...)
   42. ├─dplyr:::left_join.data.frame(...)
   43. │ └─dplyr::auto_copy(x, y, copy = copy)
   44. │   ├─dplyr::same_src(x, y)
   45. │   └─dplyr:::same_src.data.frame(x, y)
   46. │     └─base::is.data.frame(y)
   47. ├─gtsummary:::map(...)
   48. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
   49. │   └─gtsummary (local) FUN(X[[i]], ...)
   50. │     └─glue::glue(...)
   51. │       └─glue::glue_data(...)
   52. │         └─base::stopifnot(is.environment(.envir))
   53. │           └─base::stop(simpleError(msg, call = if (p <- sys.parent(1L)) sys.call(p)))
   54. └─dplyr (local) `<fn>`(`<smplErrr>`)
   55.   └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
  
  [ FAIL 11 | WARN 34 | SKIP 4 | PASS 65 ]
  Error: Test failures
  Execution halted