Error(s) in re-building vignettes:
--- re-building ‘echo-vignette.Rmd’ using rmarkdown
 ----------- FAILURE REPORT -------------- 
 --- failure: the condition has length > 1 ---
 --- srcref --- 
: 
 --- package (from environment) --- 
echo.find
 --- call from context --- 
calculate_param(i, timen, resol, num_reps, tied = tied, is_smooth = is_smooth, 
    is_weighted = is_weighted, low = low_rad, high = high_rad, 
    rem_unexpr = rem_unexpr, rem_unexpr_amt = rem_unexpr_amt, 
    run_conf = run_conf, which_conf = which_conf, harm_cut = harm_cut, 
    over_cut = over_cut, seed = seed, genes, rem_unexpr_vect, 
    avg_genes)
 --- call from argument --- 
if (!is_deviating(current_gene, genes)) {
    results <- data.frame(gene = gene_n, conv = "No Deviation", 
        iter = NA, gamma = NA, type_gam = NA, amplitude = NA, 
        omega = NA, period = NA, phase.shift = NA, hours.shifted = NA, 
        y_shift = NA, tau = NA, pval = NA, stringsAsFactors = FALSE)
    if (run_conf) {
        results <- cbind(results, rbind(ci_int), rbind(as.numeric(as.character(t(genes[current_gene, 
            -1])))), rbind(rep(NA, length(timen))))
    }
    else {
        results <- cbind(results, rbind(as.numeric(as.character(t(genes[current_gene, 
            -1])))), rbind(rep(NA, length(timen))))
    }
    return(results)
}
 --- R stacktrace ---
where 1: calculate_param(i, timen, resol, num_reps, tied = tied, is_smooth = is_smooth, 
    is_weighted = is_weighted, low = low_rad, high = high_rad, 
    rem_unexpr = rem_unexpr, rem_unexpr_amt = rem_unexpr_amt, 
    run_conf = run_conf, which_conf = which_conf, harm_cut = harm_cut, 
    over_cut = over_cut, seed = seed, genes, rem_unexpr_vect, 
    avg_genes)
where 2: echo_find(genes = genes, begin = begin, end = end, resol = resol, 
    num_reps = num_reps, low = low, high = high, run_all_per = run_all_per, 
    paired = paired, rem_unexpr = rem_unexpr, is_normal = is_normal, 
    is_de_linear_trend = is_de_linear_trend, is_smooth = is_smooth)
where 3: eval(expr, envir, enclos)
where 4: eval(expr, envir, enclos)
where 5: withVisible(eval(expr, envir, enclos))
where 6: withCallingHandlers(withVisible(eval(expr, envir, enclos)), warning = wHandler, 
    error = eHandler, message = mHandler)
where 7: handle(ev <- withCallingHandlers(withVisible(eval(expr, envir, 
    enclos)), warning = wHandler, error = eHandler, message = mHandler))
where 8: timing_fn(handle(ev <- withCallingHandlers(withVisible(eval(expr, 
    envir, enclos)), warning = wHandler, error = eHandler, message = mHandler)))
where 9: evaluate_call(expr, parsed$src[[i]], envir = envir, enclos = enclos, 
    debug = debug, last = i == length(out), use_try = stop_on_error != 
        2L, keep_warning = keep_warning, keep_message = keep_message, 
    output_handler = output_handler, include_timing = include_timing)
where 10: evaluate::evaluate(...)
where 11: evaluate(code, envir = env, new_device = FALSE, keep_warning = !isFALSE(options$warning), 
    keep_message = !isFALSE(options$message), stop_on_error = if (is.numeric(options$error)) options$error else {
        if (options$error && options$include) 
            0L
        else 2L
    }, output_handler = knit_handlers(options$render, options))
where 12: in_dir(input_dir(), evaluate(code, envir = env, new_device = FALSE, 
    keep_warning = !isFALSE(options$warning), keep_message = !isFALSE(options$message), 
    stop_on_error = if (is.numeric(options$error)) options$error else {
        if (options$error && options$include) 
            0L
        else 2L
    }, output_handler = knit_handlers(options$render, options)))
where 13: eng_r(options)
where 14: block_exec(params)
where 15: call_block(x)
where 16: process_group.block(group)
where 17: process_group(group)
where 18: withCallingHandlers(if (tangle) process_tangle(group) else process_group(group), 
    error = function(e) {
        setwd(wd)
        cat(res, sep = "\n", file = output %n% "")
        message("Quitting from lines ", paste(current_lines(i), 
            collapse = "-"), " (", knit_concord$get("infile"), 
            ") ")
    })
where 19: process_file(text, output)
where 20: knitr::knit(knit_input, knit_output, envir = envir, quiet = quiet)
where 21: rmarkdown::render(file, encoding = encoding, quiet = quiet, envir = globalenv(), 
    output_dir = getwd(), ...)
where 22: vweave_rmarkdown(...)
where 23: engine$weave(file, quiet = quiet, encoding = enc)
where 24: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
where 25: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
where 26: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
where 27: tryCatch({
    engine$weave(file, quiet = quiet, encoding = enc)
    setwd(startdir)
    output <- find_vignette_product(name, by = "weave", engine = engine)
    if (!have.makefile && vignette_is_tex(output)) {
        texi2pdf(file = output, clean = FALSE, quiet = quiet)
        output <- find_vignette_product(name, by = "texi2pdf", 
            engine = engine)
    }
    outputs <- c(outputs, output)
}, error = function(e) {
    thisOK <<- FALSE
    fails <<- c(fails, file)
    message(gettextf("Error: processing vignette '%s' failed with diagnostics:\n%s", 
        file, conditionMessage(e)))
})
where 28: tools:::buildVignettes(dir = "/data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/echo.find.Rcheck/vign_test/echo.find")

 --- value of length: 5184 type: logical ---
       CT2.1 CT2.2 CT2.3 CT4.1 CT4.2 CT4.3 CT6.1 CT6.2 CT6.3 CT8.1 CT8.2 CT8.3
CT2.1     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT2.2     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT2.3     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT4.1     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT4.2     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT4.3     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT6.1     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT6.2     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT6.3     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT8.1     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT8.2     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT8.3     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT10.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT10.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT10.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT12.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT12.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT12.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT14.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT14.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT14.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT16.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT16.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT16.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT18.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT18.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT18.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT20.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT20.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT20.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT22.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT22.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT22.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT24.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT24.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT24.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT26.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT26.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT26.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT28.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT28.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT28.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT30.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT30.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT30.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT32.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT32.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT32.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT34.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT34.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT34.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT36.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT36.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT36.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT38.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT38.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT38.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT40.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT40.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT40.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT42.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT42.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT42.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT44.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT44.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT44.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT46.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT46.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT46.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT48.1    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT48.2    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
CT48.3    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
       CT10.1 CT10.2 CT10.3 CT12.1 CT12.2 CT12.3 CT14.1 CT14.2 CT14.3 CT16.1
CT2.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
       CT16.2 CT16.3 CT18.1 CT18.2 CT18.3 CT20.1 CT20.2 CT20.3 CT22.1 CT22.2
CT2.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
       CT22.3 CT24.1 CT24.2 CT24.3 CT26.1 CT26.2 CT26.3 CT28.1 CT28.2 CT28.3
CT2.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
       CT30.1 CT30.2 CT30.3 CT32.1 CT32.2 CT32.3 CT34.1 CT34.2 CT34.3 CT36.1
CT2.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
       CT36.2 CT36.3 CT38.1 CT38.2 CT38.3 CT40.1 CT40.2 CT40.3 CT42.1 CT42.2
CT2.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
       CT42.3 CT44.1 CT44.2 CT44.3 CT46.1 CT46.2 CT46.3 CT48.1 CT48.2 CT48.3
CT2.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT2.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT4.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT6.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.1      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.2      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT8.3      NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT10.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT12.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT14.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT16.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT18.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT20.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT22.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT24.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT26.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT28.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT30.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT32.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT34.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT36.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT38.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT40.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT42.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT44.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT46.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.1     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.2     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
CT48.3     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA     NA
 --- function from context --- 
function (current_gene, timen, resol, num_reps, tied, is_smooth = FALSE, 
    is_weighted = FALSE, low, high, rem_unexpr = FALSE, rem_unexpr_amt = 70, 
    run_conf = F, which_conf = "Bootstrap", harm_cut = 0.03, 
    over_cut = 0.15, seed = 30, genes, rem_unexpr_vect, avg_genes) 
{
    if (run_conf) {
        ci_int <- rep(NA, 10)
        par_names <- c("gam", "a", "omega", "phi", "y_shift")
        ci_names <- c(paste0("ci_low_", par_names), paste0("ci_high_", 
            par_names))
        names(ci_int) <- ci_names
    }
    gene_n <- as.character(genes[current_gene, 1])
    if (!is_deviating(current_gene, genes)) {
        results <- data.frame(gene = gene_n, conv = "No Deviation", 
            iter = NA, gamma = NA, type_gam = NA, amplitude = NA, 
            omega = NA, period = NA, phase.shift = NA, hours.shifted = NA, 
            y_shift = NA, tau = NA, pval = NA, stringsAsFactors = FALSE)
        if (run_conf) {
            results <- cbind(results, rbind(ci_int), rbind(as.numeric(as.character(t(genes[current_gene, 
                -1])))), rbind(rep(NA, length(timen))))
        }
        else {
            results <- cbind(results, rbind(as.numeric(as.character(t(genes[current_gene, 
                -1])))), rbind(rep(NA, length(timen))))
        }
        return(results)
    }
    if (rem_unexpr) {
        if (rem_unexpr_vect[current_gene]) {
            results <- data.frame(gene = gene_n, conv = "Unexpressed", 
                iter = NA, gamma = NA, type_gam = NA, amplitude = NA, 
                omega = NA, period = NA, phase.shift = NA, hours.shifted = NA, 
                y_shift = NA, tau = NA, pval = NA, stringsAsFactors = FALSE)
            if (run_conf) {
                results <- cbind(results, rbind(ci_int), rbind(as.numeric(as.character(t(genes[current_gene, 
                  -1])))), rbind(rep(NA, length(timen))))
            }
            else {
                results <- cbind(results, rbind(as.numeric(as.character(t(genes[current_gene, 
                  -1])))), rbind(rep(NA, length(timen))))
            }
            return(results)
        }
    }
    if (num_reps == 1) {
        y_val <- as.numeric(genes[current_gene, -1])
    }
    else {
        y_val <- avg_genes[current_gene, ]
    }
    start_param <- calc_start_echo(y_val, over_cut, timen, low, 
        high, resol)
    temp <- data.frame()
    if (num_reps == 1) {
        temp <- data.frame(y = y_val, t = timen)
        temp <- temp[!is.na(temp$y), ]
        oscillator_init <- nls.lm(par = start_param, fn = fcn_single_one_rep, 
            fcall = alt_form, lower = c(-Inf, -Inf, high, -Inf, 
                min(temp$y)), upper = c(Inf, Inf, low, Inf, max(temp$y)), 
            t = temp$t, y = temp$y, control = nls.lm.control(nprint = 0, 
                maxiter = 1000, maxfev = 2000, ftol = 1e-06, 
                ptol = 1e-06, gtol = 1e-06))
        coeff <- coef(oscillator_init)
        oscillator.fit <- nls_edit(formula = y ~ alt_form(a, 
            gam, omega, phi, y_shift, t), data = temp, start = list(gam = coeff[1], 
            a = coeff[2], omega = coeff[3], phi = coeff[4], y_shift = coeff[5]), 
            control = nls.control(maxiter = 0))
    }
    else {
        weights <- calc_weights(current_gene, num_reps, genes)
        temp <- data.frame(y = cbind(unlist(genes[current_gene, 
            -1])), t = cbind(rep(timen, each = num_reps)), w = cbind(rep(weights, 
            each = num_reps)))
        temp <- temp[!is.na(temp$y), ]
        oscillator_init <- nls.lm(par = start_param, fn = fcn_single, 
            fcall = alt_form, lower = c(-Inf, -Inf, high, -Inf, 
                min(temp$y)), upper = c(Inf, Inf, low, Inf, max(temp$y)), 
            t = temp$t, y = temp$y, w = temp$w, control = nls.lm.control(nprint = 0, 
                maxiter = 1000, maxfev = 2000, ftol = 1e-06, 
                ptol = 1e-06, gtol = 1e-06))
        coeff <- coef(oscillator_init)
        oscillator.fit <- nls_edit(formula = y ~ alt_form(a, 
            gam, omega, phi, y_shift, t), data = temp, start = list(gam = coeff[1], 
            a = coeff[2], omega = coeff[3], phi = coeff[4], y_shift = coeff[5]), 
            control = nls.control(maxiter = 0))
    }
    did_conv <- oscillator.fit$convInfo$isConv
    num_iter <- oscillator.fit$convInfo$finIter
    parameters <- coef(oscillator.fit)
    gam <- parameters[1]
    a <- parameters[2]
    omega <- parameters[3]
    phi <- parameters[4]
    y_shift <- parameters[5]
    if (run_conf) {
        if (which_conf == "Bootstrap") {
            ci_int <- bootstrap(temp, oscillator.fit, start_param, 
                num_reps, current_gene, seed, genes, high, low)
        }
        else {
            ci_int <- jackknife(temp, parameters, num_reps, start_param, 
                high, low)
        }
    }
    type_gam <- get_type_gam(gam, harm_cut, over_cut)
    phase_hours <- get_hs(a, phi, omega)
    ref_wave <- (alt_form(a, gam, omega, phi, y_shift, timen))
    all_pred <- rep(ref_wave, each = num_reps)[!is.na(unlist(genes[current_gene, 
        -1]))]
    testing <- suppressWarnings(cor.test(all_pred, temp$y, method = "kendall"))
    pval <- testing$p.value
    tau <- testing$estimate
    results <- data.frame(gene = gene_n, conv = did_conv, iter = num_iter, 
        gamma = gam, type_gam = type_gam, amplitude = a, omega = omega, 
        period = (2 * pi/omega), phase.shift = phi, hours.shifted = phase_hours, 
        y_shift = y_shift, tau = tau, pval = pval, stringsAsFactors = FALSE)
    if (!run_conf) {
        if (num_reps == 1) {
            results <- cbind(results, rbind(y_val), rbind(ref_wave))
        }
        else {
            results <- cbind(results, rbind(as.numeric(as.character(t(genes[current_gene, 
                -1])))), rbind(ref_wave))
        }
    }
    else {
        if (num_reps == 1) {
            results <- cbind(results, rbind(ci_int), rbind(y_val), 
                rbind(ref_wave))
        }
        else {
            results <- cbind(results, rbind(ci_int), rbind(as.numeric(as.character(t(genes[current_gene, 
                -1])))), rbind(ref_wave))
        }
    }
    return(results)
}
<bytecode: 0x5168c50>
<environment: namespace:echo.find>
 --- function search by body ---
Function calculate_param in namespace echo.find has this body.
 ----------- END OF FAILURE REPORT -------------- 
Quitting from lines 109-133 (echo-vignette.Rmd) 
Error: processing vignette 'echo-vignette.Rmd' failed with diagnostics:
the condition has length > 1
--- failed re-building ‘echo-vignette.Rmd’

SUMMARY: processing the following file failed:
  ‘echo-vignette.Rmd’

Error: Vignette re-building failed.
Execution halted