Running 'opt.nested.crossval.checks.R' [6s/16s]
Running the tests in 'tests/opt.nested.crossval.checks.R' failed.
Complete output:
  > ##tests with continuous, binary, and survival response, with and
  > ##without parallelization.
  > 
  > library(pensim)
  > data(beer.exprs)
  > data(beer.survival)
  > 
  > gene.quant <- apply(beer.exprs,1,quantile,probs=0.75)
  > dat.filt <- beer.exprs[gene.quant>log2(100),]
  > gene.iqr <- apply(dat.filt,1,IQR)
  > dat.filt <- as.matrix(dat.filt[gene.iqr>0.5,])
  > dat.filt <- t(dat.filt)
  > dat.filt <- dat.filt[,1:50]
  > 
  > library(survival)
  > surv.obj <- Surv(beer.survival$os,beer.survival$status)
  > cont.obj <- beer.survival$os
  > bin.obj <- factor(beer.survival$status)
  > 
  > ##
  > ##
  > ## tests without parallelization
  > ##
  > ##
  > 
  > 
  > ##--------------------------------
  > ## survival
  > ##--------------------------------
  > set.seed(1)
  > opt.nested.crossval(outerfold=5,nprocessors=1,  #opt.nested.crossval arguments
  +              optFUN="opt1D",scaling=FALSE,               #opt.splitval arguments
  +              setpen="L1",nsim=1,                         #opt1D arguments
  +              response=surv.obj,
  +              penalized=dat.filt,
  +              fold=5,
  +              positive=FALSE,
  +              standardize=TRUE,
  +              trace=FALSE)
  Error in model.frame.default(object, data, xlev = xlev) : 
    'data' must be a data.frame, environment, or list
  AD10  AD2  AD3  AD5  AD6  AD7  AD8  L01  L02  L04  L05  L06  L08  L09 L100 L101 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
  L102 L103 L104 L105 L106 L107 L108  L11 L111  L12  L13  L17  L18  L19  L20  L22 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L23  L24  L25  L26  L27  L30  L31  L33  L34  L35  L36  L37  L38  L40  L41  L42 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L43  L45  L46  L47  L48  L49  L50  L52  L53  L54  L56  L57  L59  L61  L62  L64 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L65  L76  L78  L79  L80  L81  L82  L83  L84  L85  L86  L87  L88  L89  L90  L91 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L92  L94  L95  L96  L97  L99 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA 
  > 
  > 
  > ##--------------------------------
  > ## continuous
  > ##--------------------------------
  > set.seed(1)
  > opt.nested.crossval(outerfold=5,nprocessors=1,  #opt.nested.crossval arguments
  +              optFUN="opt1D",scaling=FALSE,               #opt.splitval arguments
  +              setpen="L1",nsim=1,                         #opt1D arguments
  +              response=cont.obj,
  +              penalized=dat.filt,
  +              fold=5,
  +              positive=FALSE,
  +              standardize=TRUE,
  +              trace=FALSE)
  Error in model.frame.default(object, data, xlev = xlev) : 
    'data' must be a data.frame, environment, or list
  AD10  AD2  AD3  AD5  AD6  AD7  AD8  L01  L02  L04  L05  L06  L08  L09 L100 L101 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
  L102 L103 L104 L105 L106 L107 L108  L11 L111  L12  L13  L17  L18  L19  L20  L22 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L23  L24  L25  L26  L27  L30  L31  L33  L34  L35  L36  L37  L38  L40  L41  L42 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L43  L45  L46  L47  L48  L49  L50  L52  L53  L54  L56  L57  L59  L61  L62  L64 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L65  L76  L78  L79  L80  L81  L82  L83  L84  L85  L86  L87  L88  L89  L90  L91 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L92  L94  L95  L96  L97  L99 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA 
  > 
  > 
  > ##--------------------------------
  > ## binary
  > ##--------------------------------
  > set.seed(1)
  > opt.nested.crossval(outerfold=5,nprocessors=1,  #opt.nested.crossval arguments
  +              optFUN="opt1D",scaling=FALSE,               #opt.splitval arguments
  +              setpen="L1",nsim=1,                         #opt1D arguments
  +              response=bin.obj,
  +              penalized=dat.filt,
  +              fold=5,
  +              positive=FALSE,
  +              standardize=TRUE,
  +              trace=FALSE)
  Error in model.frame.default(object, data, xlev = xlev) : 
    'data' must be a data.frame, environment, or list
  AD10  AD2  AD3  AD5  AD6  AD7  AD8  L01  L02  L04  L05  L06  L08  L09 L100 L101 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
  L102 L103 L104 L105 L106 L107 L108  L11 L111  L12  L13  L17  L18  L19  L20  L22 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L23  L24  L25  L26  L27  L30  L31  L33  L34  L35  L36  L37  L38  L40  L41  L42 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L43  L45  L46  L47  L48  L49  L50  L52  L53  L54  L56  L57  L59  L61  L62  L64 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L65  L76  L78  L79  L80  L81  L82  L83  L84  L85  L86  L87  L88  L89  L90  L91 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L92  L94  L95  L96  L97  L99 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA 
  > 
  > 
  > ##
  > ##
  > ## tests with parallelization
  > ##
  > ##
  > 
  > if(require(parallel)){
  + 
  +   ##--------------------------------
  +   ## survival
  +   ##--------------------------------
  +   set.seed(1)
  +   opt.nested.crossval(outerfold=5,nprocessors=2,  #opt.nested.crossval arguments
  +                       optFUN="opt1D",scaling=FALSE,               #opt.splitval arguments
  +                       setpen="L1",nsim=2,                         #opt1D arguments
  +                       response=surv.obj,
  +                       penalized=dat.filt,
  +                       fold=5,
  +                       positive=FALSE,
  +                       standardize=TRUE,
  +                       trace=FALSE)
  + 
  + 
  +   ##--------------------------------
  +   ## continuous
  +   ##--------------------------------
  +   set.seed(1)
  +   opt.nested.crossval(outerfold=5,nprocessors=2,  #opt.nested.crossval arguments
  +                       optFUN="opt1D",scaling=FALSE,               #opt.splitval arguments
  +                       setpen="L1",nsim=2,                         #opt1D arguments
  +                       response=cont.obj,
  +                       penalized=dat.filt,
  +                       fold=5,
  +                       positive=FALSE,
  +                       standardize=TRUE,
  +                       trace=FALSE)
  + 
  + 
  +   ##--------------------------------
  +   ## binary
  +   ##--------------------------------
  +   set.seed(1)
  +   opt.nested.crossval(outerfold=5,nprocessors=2,  #opt.nested.crossval arguments
  +                       optFUN="opt1D",scaling=FALSE,               #opt.splitval arguments
  +                       setpen="L1",nsim=2,                         #opt1D arguments
  +                       response=bin.obj,
  +                       penalized=dat.filt,
  +                       fold=5,
  +                       positive=FALSE,
  +                       standardize=TRUE,
  +                       trace=FALSE)
  + }
  Loading required package: parallel
  AD10  AD2  AD3  AD5  AD6  AD7  AD8  L01  L02  L04  L05  L06  L08  L09 L100 L101 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
  L102 L103 L104 L105 L106 L107 L108  L11 L111  L12  L13  L17  L18  L19  L20  L22 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L23  L24  L25  L26  L27  L30  L31  L33  L34  L35  L36  L37  L38  L40  L41  L42 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L43  L45  L46  L47  L48  L49  L50  L52  L53  L54  L56  L57  L59  L61  L62  L64 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L65  L76  L78  L79  L80  L81  L82  L83  L84  L85  L86  L87  L88  L89  L90  L91 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA 
   L92  L94  L95  L96  L97  L99 
    NA   NA   NA   NA   NA   NA 
  > 
  > ## opt2D check using pre-specified folds
  > 
  > myfolds <- sample(1:5, size=nrow(dat.filt), replace = TRUE)
  > output <- opt2D(
  +   nsim = 1,
  +   L1range = c(0.1, 1),
  +   L2range = c(20, 1000),
  +   dofirst = "both",
  +   nprocessors = 1,
  +   response = surv.obj,
  +   penalized = dat.filt,
  +   fold = myfolds,
  +   positive = FALSE,
  +   standardize = TRUE
  + )
  [1] "scanning for good starting points for 2-D optimization..."
  [1] "Scanning L1 and L2 for good start points for 2D optimization."
  [1] "Note: not scanning values of L1 or L2 less than 1 to speed computation, but optimization can still converge on values less than 1 if the minimum range is less than 1."
  [1] "Scanning L1 between 1-1"
  [1] "Scanning L2 between 20-1000"
  Error in model.frame.default(object, data, xlev = xlev) : 
    'data' must be a data.frame, environment, or list
  Calls: opt2D ... model.matrix.default -> model.frame -> model.frame.default
  Execution halted