• using R version 4.6.1 Patched (2026-07-18 r90286)
• using platform: x86_64-pc-linux-gnu
• R was compiled by     gcc-15 (Debian 15.3.0-1) 15.3.0     GNU Fortran (Debian 15.3.0-1) 15.3.0
• running under: Debian GNU/Linux forky/sid
• using session charset: UTF-8 * current time: 2026-07-22 04:32:29 UTC
• checking for file ‘GIMMEgVAR/DESCRIPTION’ ... OK
• checking extension type ... Package
• this is package ‘GIMMEgVAR’ version ‘0.1.0’
• package encoding: UTF-8
• checking package namespace information ... OK
• checking package dependencies ... OK
• checking if this is a source package ... OK
• checking if there is a namespace ... OK
• checking for executable files ... OK
• checking for hidden files and directories ... OK
• checking for portable file names ... OK
• checking for sufficient/correct file permissions ... OK
• checking whether package ‘GIMMEgVAR’ can be installed ... OK See the install log for details.
• checking package directory ... OK
• checking for future file timestamps ... OK
• checking ‘build’ directory ... OK
• checking DESCRIPTION meta-information ... OK
• checking top-level files ... OK
• checking for left-over files ... OK
• checking index information ... OK
• checking package subdirectories ... OK
• checking code files for non-ASCII characters ... OK
• checking R files for syntax errors ... OK
• checking whether the package can be loaded ... [4s/5s] OK
• checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... [4s/4s] OK
• checking whether the package can be unloaded cleanly ... [4s/4s] OK
• checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... [4s/4s] OK
• checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... [4s/5s] OK
• checking loading without being on the library search path ... [4s/6s] OK
• checking use of S3 registration ... OK
• checking dependencies in R code ... OK
• checking S3 generic/method consistency ... OK
• checking replacement functions ... OK
• checking foreign function calls ... OK
• checking R code for possible problems ... [18s/23s] OK
• checking Rd files ... [0s/1s] OK
• checking Rd metadata ... OK
• checking Rd line widths ... OK
• checking Rd cross-references ... OK
• checking for missing documentation entries ... OK
• checking for code/documentation mismatches ... OK
• checking Rd \usage sections ... OK
• checking Rd contents ... OK
• checking for unstated dependencies in examples ... OK
• checking contents of ‘data’ directory ... OK
• checking data for non-ASCII characters ... [0s/0s] OK
• checking LazyData ... OK
• checking data for ASCII and uncompressed saves ... OK
• checking installed files from ‘inst/doc’ ... OK
• checking files in ‘vignettes’ ... OK
• checking examples ... NONE
• checking for unstated dependencies in vignettes ... OK
• checking package vignettes ... OK
• checking re-building of vignette outputs ... [459s/582s] ERROR Error(s) in re-building vignettes:   ... --- re-building ‘vignette.Rmd’ using rmarkdown [1] "running GVAR for subject 02"   |   | | 0%   |   | | 1%   |   |= | 1%   |   |= | 2%   |   |== | 2%   |   |== | 3%   |   |== | 4%   |   |=== | 4%   |   |=== | 5%   |   |==== | 5%   |   |==== | 6%   |   |===== | 6%   |   |===== | 7%   |   |===== | 8%   |   |====== | 8%   |   |====== | 9%   |   |======= | 9%   |   |======= | 10%   |   |======= | 11%   |   |======== | 11%   |   |======== | 12%   |   |========= | 12%   |   |========= | 13%   |   |========= | 14%   |   |========== | 14%   |   |========== | 15%   |   |=========== | 15%   |   |=========== | 16%   |   |============ | 16%   |   |============ | 17%   |   |============ | 18%   |   |============= | 18%   |   |============= | 19%   |   |============== | 19%   |   |============== | 20%   |   |============== | 21%   |   |=============== | 21%   |   |=============== | 22%   |   |================ | 22%   |   |================ | 23%   |   |================ | 24%   |   |================= | 24%   |   |================= | 25%   |   |================== | 25%   |   |================== | 26%   |   |=================== | 26%   |   |=================== | 27%   |   |=================== | 28%   |   |==================== | 28%   |   |==================== | 29%   |   |===================== | 29%   |   |===================== | 30%   |   |===================== | 31%   |   |====================== | 31%   |   |====================== | 32%   |   |======================= | 32%   |   |======================= | 33%   |   |======================= | 34%   |   |======================== | 34%   |   |======================== | 35%   |   |========================= | 35%   |   |========================= | 36%   |   |========================== | 36%   |   |========================== | 37%   |   |========================== | 38%   |   |=========================== | 38%   |   |=========================== | 39%   |   |============================ | 39%   |   |============================ | 40%   |   |============================ | 41%   |   |============================= | 41%   |   |============================= | 42%   |   |============================== | 42%   |   |============================== | 43%   |   |============================== | 44%   |   |=============================== | 44%   |   |=============================== | 45%   |   |================================ | 45%   |   |================================ | 46%   |   |================================= | 46%   |   |================================= | 47%   |   |================================= | 48%   |   |================================== | 48%   |   |================================== | 49%   |   |=================================== | 49%   |   |=================================== | 50%   |   |=================================== | 51%   |   |==================================== | 51%   |   |==================================== | 52%   |   |===================================== | 52%   |   |===================================== | 53%   |   |===================================== | 54%   |   |====================================== | 54%   |   |====================================== | 55%   |   |======================================= | 55%   |   |======================================= | 56%   |   |======================================== | 56%   |   |======================================== | 57%   |   |======================================== | 58%   |   |========================================= | 58%   |   |========================================= | 59%   |   |========================================== | 59%   |   |========================================== | 60%   |   |========================================== | 61%   |   |=========================================== | 61%   |   |=========================================== | 62%   |   |============================================ | 62%   |   |============================================ | 63%   |   |============================================ | 64%   |   |============================================= | 64%   |   |============================================= | 65%   |   |============================================== | 65%   |   |============================================== | 66%   |   |=============================================== | 66%   |   |=============================================== | 67%   |   |=============================================== | 68%   |   |================================================ | 68%   |   |================================================ | 69%   |   |================================================= | 69%   |   |================================================= | 70%   |   |================================================= | 71%   |   |================================================== | 71%   |   |================================================== | 72%   |   |=================================================== | 72%   |   |=================================================== | 73%   |   |=================================================== | 74%   |   |==================================================== | 74%   |   |==================================================== | 75%   |   |===================================================== | 75%   |   |===================================================== | 76%   |   |====================================================== | 76%   |   |====================================================== | 77%   |   |====================================================== | 78%   |   |======================================================= | 78%   |   |======================================================= | 79%   |   |======================================================== | 79%   |   |======================================================== | 80%   |   |======================================================== | 81%   |   |========================================================= | 81%   |   |========================================================= | 82%   |   |========================================================== | 82%   |   |========================================================== | 83%   |   |========================================================== | 84%   |   |=========================================================== | 84%   |   |=========================================================== | 85%   |   |============================================================ | 85%   |   |============================================================ | 86%   |   |============================================================= | 86%   |   |============================================================= | 87%   |   |============================================================= | 88%   |   |============================================================== | 88%   |   |============================================================== | 89%   |   |=============================================================== | 89%   |   |=============================================================== | 90%   |   |=============================================================== | 91%   |   |================================================================ | 91%   |   |================================================================ | 92%   |   |================================================================= | 92%   |   |================================================================= | 93%   |   |================================================================= | 94%   |   |================================================================== | 94%   |   |================================================================== | 95%   |   |=================================================================== | 95%   |   |=================================================================== | 96%   |   |==================================================================== | 96%   |   |==================================================================== | 97%   |   |==================================================================== | 98%   |   |===================================================================== | 98%   |   |===================================================================== | 99%   |   |======================================================================| 99%   |   |======================================================================| 100% [1] "running GVAR for subject 04"   |   | | 0%   |   | | 1%   |   |= | 1%   |   |= | 2%   |   |== | 2%   |   |== | 3%   |   |== | 4%   |   |=== | 4%   |   |=== | 5%   |   |==== | 5%   |   |==== | 6%   |   |===== | 6%   |   |===== | 7%   |   |===== | 8%   |   |====== | 8%   |   |====== | 9%   |   |======= | 9%   |   |======= | 10%   |   |======= | 11%   |   |======== | 11%   |   |======== | 12%   |   |========= | 12%   |   |========= | 13%   |   |========= | 14%   |   |========== | 14%   |   |========== | 15%   |   |=========== | 15%   |   |=========== | 16%   |   |============ | 16%   |   |============ | 17%   |   |============ | 18%   |   |============= | 18%   |   |============= | 19%   |   |============== | 19%   |   |============== | 20%   |   |============== | 21%   |   |=============== | 21%   |   |=============== | 22%   |   |================ | 22%   |   |================ | 23%   |   |================ | 24%   |   |================= | 24%   |   |================= | 25%   |   |================== | 25%   |   |================== | 26%   |   |=================== | 26%   |   |=================== | 27%   |   |=================== | 28%   |   |==================== | 28%   |   |==================== | 29%   |   |===================== | 29%   |   |===================== | 30%   |   |===================== | 31%   |   |====================== | 31%   |   |====================== | 32%   |   |======================= | 32%   |   |======================= | 33%   |   |======================= | 34%   |   |======================== | 34%   |   |======================== | 35%   |   |========================= | 35%   |   |========================= | 36%   |   |========================== | 36%   |   |========================== | 37%   |   |========================== | 38%   |   |=========================== | 38%   |   |=========================== | 39%   |   |============================ | 39%   |   |============================ | 40%   |   |============================ | 41%   |   |============================= | 41%   |   |============================= | 42%   |   |============================== | 42%   |   |============================== | 43%   |   |============================== | 44%   |   |=============================== | 44%   |   |=============================== | 45%   |   |================================ | 45%   |   |================================ | 46%   |   |================================= | 46%   |   |================================= | 47%   |   |================================= | 48%   |   |================================== | 48%   |   |================================== | 49%   |   |=================================== | 49%   |   |=================================== | 50%   |   |=================================== | 51%   |   |==================================== | 51%   |   |==================================== | 52%   |   |===================================== | 52%   |   |===================================== | 53%   |   |===================================== | 54%   |   |====================================== | 54%   |   |====================================== | 55%   |   |======================================= | 55%   |   |======================================= | 56%   |   |======================================== | 56%   |   |======================================== | 57%   |   |======================================== | 58%   |   |========================================= | 58%   |   |========================================= | 59%   |   |========================================== | 59%   |   |========================================== | 60%   |   |========================================== | 61%   |   |=========================================== | 61%   |   |=========================================== | 62%   |   |============================================ | 62%   |   |============================================ | 63%   |   |============================================ | 64%   |   |============================================= | 64%   |   |============================================= | 65%   |   |============================================== | 65%   |   |============================================== | 66%   |   |=============================================== | 66%   |   |=============================================== | 67%   |   |=============================================== | 68%   |   |================================================ | 68%   |   |================================================ | 69%   |   |================================================= | 69%   |   |================================================= | 70%   |   |================================================= | 71%   |   |================================================== | 71%   |   |================================================== | 72%   |   |=================================================== | 72%   |   |=================================================== | 73%   |   |=================================================== | 74%   |   |==================================================== | 74%   |   |==================================================== | 75%   |   |===================================================== | 75%   |   |===================================================== | 76%   |   |====================================================== | 76%   |   |====================================================== | 77%   |   |====================================================== | 78%   |   |======================================================= | 78%   |   |======================================================= | 79%   |   |======================================================== | 79%   |   |======================================================== | 80%   |   |======================================================== | 81%   |   |========================================================= | 81%   |   |========================================================= | 82%   |   |========================================================== | 82%   |   |========================================================== | 83%   |   |========================================================== | 84%   |   |=========================================================== | 84%   |   |=========================================================== | 85%   |   |============================================================ | 85%   |   |============================================================ | 86%   |   |============================================================= | 86%   |   |============================================================= | 87%   |   |============================================================= | 88%   |   |============================================================== | 88%   |   |============================================================== | 89%   |   |=============================================================== | 89%   |   |=============================================================== | 90%   |   |=============================================================== | 91%   |   |================================================================ | 91%   |   |================================================================ | 92%   |   |================================================================= | 92%   |   |================================================================= | 93%   |   |================================================================= | 94%   |   |================================================================== | 94%   |   |================================================================== | 95%   |   |=================================================================== | 95%   |   |=================================================================== | 96%   |   |==================================================================== | 96%   |   |==================================================================== | 97%   |   |==================================================================== | 98%   |   |===================================================================== | 98%   |   |===================================================================== | 99%   |   |======================================================================| 99%   |   |======================================================================| 100% [1] "running GVAR for subject 06"   |   | | 0%   |   | | 1%   |   |= | 1%   |   |= | 2%   |   |== | 2%   |   |== | 3%   |   |== | 4%   |   |=== | 4%   |   |=== | 5%   |   |==== | 5%   |   |==== | 6%   |   |===== | 6%   |   |===== | 7%   |   |===== | 8%   |   |====== | 8%   |   |====== | 9%   |   |======= | 9%   |   |======= | 10%   |   |======= | 11%   |   |======== | 11%   |   |======== | 12%   |   |========= | 12%   |   |========= | 13%   |   |========= | 14%   |   |========== | 14%   |   |========== | 15%   |   |=========== | 15%   |   |=========== | 16%   |   |============ | 16%   |   |============ | 17%   |   |============ | 18%   |   |============= | 18%   |   |============= | 19%   |   |============== | 19%   |   |============== | 20%   |   |============== | 21%   |   |=============== | 21%   |   |=============== | 22%   |   |================ | 22%   |   |================ | 23%   |   |================ | 24%   |   |================= | 24%   |   |================= | 25%   |   |================== | 25%   |   |================== | 26%   |   |=================== | 26%   |   |=================== | 27%   |   |=================== | 28%   |   |==================== | 28%   |   |==================== | 29%   |   |===================== | 29%   |   |===================== | 30%   |   |===================== | 31%   |   |====================== | 31%   |   |====================== | 32%   |   |======================= | 32%   |   |======================= | 33%   |   |======================= | 34%   |   |======================== | 34%   |   |======================== | 35%   |   |========================= | 35%   |   |========================= | 36%   |   |========================== | 36%   |   |========================== | 37%   |   |========================== | 38%   |   |=========================== | 38%   |   |=========================== | 39%   |   |============================ | 39%   |   |============================ | 40%   |   |============================ | 41%   |   |============================= | 41%   |   |============================= | 42%   |   |============================== | 42%   |   |============================== | 43%   |   |============================== | 44%   |   |=============================== | 44%   |   |=============================== | 45%   |   |================================ | 45%   |   |================================ | 46%   |   |================================= | 46%   |   |================================= | 47%   |   |================================= | 48%   |   |================================== | 48%   |   |================================== | 49%   |   |=================================== | 49%   |   |=================================== | 50%   |   |=================================== | 51%   |   |==================================== | 51%   |   |==================================== | 52%   |   |===================================== | 52%   |   |===================================== | 53%   |   |===================================== | 54%   |   |====================================== | 54%   |   |====================================== | 55%   |   |======================================= | 55%   |   |======================================= | 56%   |   |======================================== | 56%   |   |======================================== | 57%   |   |======================================== | 58%   |   |========================================= | 58%   |   |========================================= | 59%   |   |========================================== | 59%   |   |========================================== | 60%   |   |========================================== | 61%   |   |=========================================== | 61%   |   |=========================================== | 62%   |   |============================================ | 62%   |   |============================================ | 63%   |   |============================================ | 64%   |   |============================================= | 64%   |   |============================================= | 65%   |   |============================================== | 65%   |   |============================================== | 66%   |   |=============================================== | 66%   |   |=============================================== | 67%   |   |=============================================== | 68%   |   |================================================ | 68%   |   |================================================ | 69%   |   |================================================= | 69%   |   |================================================= | 70%   |   |================================================= | 71%   |   |================================================== | 71%   |   |================================================== | 72%   |   |=================================================== | 72%   |   |=================================================== | 73%   |   |=================================================== | 74%   |   |==================================================== | 74%   |   |==================================================== | 75%   |   |===================================================== | 75%   |   |===================================================== | 76%   |   |====================================================== | 76%   |   |====================================================== | 77%   |   |====================================================== | 78%   |   |======================================================= | 78%   |   |======================================================= | 79%   |   |======================================================== | 79%   |   |======================================================== | 80%   |   |======================================================== | 81%   |   |========================================================= | 81%   |   |========================================================= | 82%   |   |========================================================== | 82%   |   |========================================================== | 83%   |   |========================================================== | 84%   |   |=========================================================== | 84%   |   |=========================================================== | 85%   |   |============================================================ | 85%   |   |============================================================ | 86%   |   |============================================================= | 86%   |   |============================================================= | 87%   |   |============================================================= | 88%   |   |============================================================== | 88%   |   |============================================================== | 89%   |   |=============================================================== | 89%   |   |=============================================================== | 90%   |   |=============================================================== | 91%   |   |================================================================ | 91%   |   |================================================================ | 92%   |   |================================================================= | 92%   |   |================================================================= | 93%   |   |================================================================= | 94%   |   |================================================================== | 94%   |   |================================================================== | 95%   |   |=================================================================== | 95%   |   |=================================================================== | 96%   |   |==================================================================== | 96%   |   |==================================================================== | 97%   |   |==================================================================== | 98%   |   |===================================================================== | 98%   |   |===================================================================== | 99%   |   |======================================================================| 99%   |   |======================================================================| 100% [1] "running GVAR for subject 08"   |   | | 0%   |   | | 1%   |   |= | 1%   |   |= | 2%   |   |== | 2% 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