Running 'testthat.R' [63s]
Running the tests in 'tests/testthat.R' failed.
Complete output:
  > # This file is part of the standard setup for testthat.
  > # It is recommended that you do not modify it.
  > #
  > # Where should you do additional test configuration?
  > # Learn more about the roles of various files in:
  > # * https://r-pkgs.org/tests.html
  > # * https://testthat.r-lib.org/reference/test_package.html#special-files
  > 
  > library(testthat)
  > library(TreatmentPatterns)
  > 
  > test_check("TreatmentPatterns")
  Starting 2 test processes
  [ FAIL 21 | WARN 0 | SKIP 61 | PASS 83 ]
  
  ══ Skipped tests (61) ══════════════════════════════════════════════════════════
  • Eunomia [2.0.0] bug (7): 'test-CDMInterfaceDBC.R:6:3',
    'test-CDMInterfaceDBC.R:24:3', 'test-CDMInterfaceDBC.R:53:3',
    'test-CDMInterfaceDBC.R:80:3', 'test-CDMInterfaceDBC.R:117:3',
    'test-computePathways.R:8:3', 'test-computePathways.R:53:3'
  • On CRAN (45): 'test-CDMInterface.R:7:3', 'test-export.R:314:3',
    'test-export.R:381:3', 'test-export.R:428:3', 'test-export.R:470:3',
    'test-export.R:514:3', 'test-export.R:589:3', 'test-export.R:657:3',
    'test-export.R:685:3', 'test-pathwaysLogical.R:8:3',
    'test-pathwaysLogical.R:50:3', 'test-pathwaysLogical.R:94:3',
    'test-pathwaysLogical.R:138:3', 'test-pathwaysLogical.R:182:3',
    'test-pathwaysLogical.R:225:3', 'test-pathwaysLogical.R:270:3',
    'test-pathwaysLogical.R:315:3', 'test-pathwaysLogical.R:359:3',
    'test-pathwaysLogical.R:403:3', 'test-pathwaysLogical.R:447:3',
    'test-pathwaysLogical.R:491:3', 'test-pathwaysLogical.R:535:3',
    'test-pathwaysLogical.R:579:3', 'test-pathwaysLogical.R:624:3',
    'test-pathwaysLogical.R:669:3', 'test-pathwaysLogical.R:712:3',
    'test-pathwaysLogical.R:756:3', 'test-pathwaysLogical.R:800:3',
    'test-pathwaysLogical.R:845:3', 'test-pathwaysLogical.R:887:3',
    'test-pathwaysLogical.R:929:3', 'test-pathwaysLogical.R:971:3',
    'test-pathwaysLogical.R:1013:3', 'test-pathwaysLogical.R:1055:3',
    'test-pathwaysLogical.R:1098:3', 'test-pathwaysLogical.R:1144:3',
    'test-pathwaysLogical.R:1188:3', 'test-pathwaysLogical.R:1232:3',
    'test-pathwaysLogical.R:1276:3', 'test-pathwaysLogical.R:1322:3',
    'test-pathwaysLogical.R:1369:3', 'test-pathwaysLogical.R:1416:3',
    'test-pathwaysLogical.R:1462:3',
    'test-pathwaysMultipleTargetsLogical.R:19:3',
    'test-pathwaysMultipleTargetsLogical.R:225:3'
  • ableToRun()$CG is not TRUE (8): 'test-executeTreatmentPatterns.R:9:3',
    'test-export.R:29:3', 'test-export.R:98:3', 'test-export.R:148:3',
    'test-export.R:192:3', 'test-export.R:236:3',
    'test-multipleCohortTables.R:67:3', 'test-computePathways.R:722:3'
  • require("DatabaseConnector", quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE, (1):
    'test-TreatmentPatternsResults.R:151:3'
  
  ══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════
  ── Error ('test-CDMInterfaceCDMC.R:30:3'): (code run outside of `test_that()`) ──
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: ℹ In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-CDMInterfaceCDMC.R:30:3
    2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    3. │   └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    4. │     └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    5. │       ├─dplyr::collect(...)
    6. │       └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    7. │         ├─dplyr::collect(x)
    8. │         └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
    9. │           └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   10. │             ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   11. │             └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   13. │               └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 ├─dbplyr::sql_render(...)
   15. │                 └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   16. │                   └─dbplyr::sql_render(...)
   17. │                     ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                     └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   19. │                       ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   20. │                       │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   21. │                       │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   22. │                       │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   23. │                       │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   24. │                       │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   25. │                       │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   26. │                       │         └─dbplyr::is.sql(x)
   27. │                       └─dbplyr::sql_render(...)
   28. │                         ├─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                         └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   30. │                           ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   31. │                           │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   32. │                           │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   33. │                           │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   34. │                           │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   35. │                           │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   36. │                           │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   37. │                           │         └─dbplyr::is.sql(x)
   38. │                           └─dbplyr::sql_render(...)
   39. │                             ├─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                             └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   41. │                               └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   43. │                                   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   44. │                                   └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   45. │                                     ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   46. │                                     └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   49. │                                           └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   50. │                                             └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   51. │                                               ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   52. │                                               │ └─base::withCallingHandlers(...)
   53. │                                               ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   54. │                                               └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   55. │                                                 ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   56. │                                                 └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   59. │                                                       └─base::ifelse(...)
   60. └─base::.handleSimpleError(...)
   61.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   62.     └─cli::cli_abort(...)
   63.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-TreatmentPatternsResults.R:3:3'): Method: new(data.frame) ──────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─base::suppressWarnings(generateCohortTableCDMC()) at test-TreatmentPatternsResults.R:3:3
    2. │ └─base::withCallingHandlers(...)
    3. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC()
    4. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    5. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    6. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    7. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    8. │         ├─dplyr::collect(...)
    9. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
   10. │           ├─dplyr::collect(x)
   11. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   12. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   13. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   14. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   16. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   17. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   19. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   20. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   21. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   22. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   23. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   24. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   25. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   26. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   27. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   28. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   29. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   30. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   31. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   32. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   33. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   34. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   35. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   36. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   37. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   38. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   39. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   40. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   41. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   42. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   43. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   44. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   45. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   46. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   47. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   48. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   49. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   50. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   51. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   52. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   53. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   54. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   55. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   56. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   57. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   58. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   59. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   60. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   61. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   62. │                                                         └─base::ifelse(...)
   63. └─base::.handleSimpleError(...)
   64.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   65.     └─cli::cli_abort(...)
   66.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-executeTreatmentPatterns.R:28:3'): CDMConnector ────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-executeTreatmentPatterns.R:28:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-export.R:21:3'): empty treatmentHistory table ──────────────────
  Error in `ans[npos] <- rep(no, length.out = len)[npos]`: Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─testthat::expect_message(...) at test-export.R:21:3
    2. │ └─testthat:::expect_condition_matching(...)
    3. │   └─testthat:::quasi_capture(...)
    4. │     ├─testthat (local) .capture(...)
    5. │     │ └─base::withCallingHandlers(...)
    6. │     └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
    7. ├─TreatmentPatterns::export(localAndromeda, outputPath = tempDirLocal)
    8. │ └─... %>% dplyr::pull()
    9. ├─dplyr::pull(.)
   10. └─dbplyr:::pull.tbl_sql(.)
   11.   ├─dplyr::collect(.data)
   12.   └─dbplyr:::collect.tbl_sql(.data)
   13.     └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   14.       ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   15.       └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   16.         ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   17.         └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   18.           ├─dbplyr::sql_render(...)
   19.           └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   20.             ├─dbplyr::sql_build(query, con = con, sql_options = sql_options)
   21.             └─dbplyr:::sql_build.lazy_select_query(query, con = con, sql_options = sql_options)
   22.               └─dbplyr:::get_select_sql(...)
   23.                 └─dbplyr::sql_vector(...)
   24.                   └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   25.                     └─base::ifelse(...)
  ── Error ('test-multipleCohortTables.R:25:3'): multiple cohort_tables ──────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at test-multipleCohortTables.R:25:3
    2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    3. │   └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    4. │     └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    5. │       ├─dplyr::collect(...)
    6. │       └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    7. │         ├─dplyr::collect(x)
    8. │         └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
    9. │           └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   10. │             ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   11. │             └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   13. │               └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 ├─dbplyr::sql_render(...)
   15. │                 └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   16. │                   └─dbplyr::sql_render(...)
   17. │                     ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                     └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   19. │                       ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   20. │                       │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   21. │                       │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   22. │                       │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   23. │                       │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   24. │                       │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   25. │                       │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   26. │                       │         └─dbplyr::is.sql(x)
   27. │                       └─dbplyr::sql_render(...)
   28. │                         ├─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                         └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   30. │                           ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   31. │                           │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   32. │                           │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   33. │                           │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   34. │                           │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   35. │                           │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   36. │                           │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   37. │                           │         └─dbplyr::is.sql(x)
   38. │                           └─dbplyr::sql_render(...)
   39. │                             ├─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                             └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   41. │                               └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   43. │                                   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   44. │                                   └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   45. │                                     ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   46. │                                     └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   49. │                                           └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   50. │                                             └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   51. │                                               ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   52. │                                               │ └─base::withCallingHandlers(...)
   53. │                                               ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   54. │                                               └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   55. │                                                 ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   56. │                                                 └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   59. │                                                       └─base::ifelse(...)
   60. └─base::.handleSimpleError(...)
   61.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   62.     └─cli::cli_abort(...)
   63.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-pathwaysMultipleTargetsLogical.R:339:3'): Events outside target ──
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-pathwaysMultipleTargetsLogical.R:339:3
    2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    3. │   └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    4. │     └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    5. │       ├─dplyr::collect(...)
    6. │       └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    7. │         ├─dplyr::collect(x)
    8. │         └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
    9. │           └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   10. │             ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   11. │             └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   13. │               └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 ├─dbplyr::sql_render(...)
   15. │                 └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   16. │                   └─dbplyr::sql_render(...)
   17. │                     ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                     └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   19. │                       ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   20. │                       │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   21. │                       │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   22. │                       │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   23. │                       │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   24. │                       │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   25. │                       │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   26. │                       │         └─dbplyr::is.sql(x)
   27. │                       └─dbplyr::sql_render(...)
   28. │                         ├─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                         └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   30. │                           ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   31. │                           │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   32. │                           │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   33. │                           │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   34. │                           │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   35. │                           │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   36. │                           │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   37. │                           │         └─dbplyr::is.sql(x)
   38. │                           └─dbplyr::sql_render(...)
   39. │                             ├─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                             └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   41. │                               └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   43. │                                   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   44. │                                   └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   45. │                                     ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   46. │                                     └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   49. │                                           └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   50. │                                             └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   51. │                                               ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   52. │                                               │ └─base::withCallingHandlers(...)
   53. │                                               ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   54. │                                               └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   55. │                                                 ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   56. │                                                 └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   59. │                                                       └─base::ifelse(...)
   60. └─base::.handleSimpleError(...)
   61.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   62.     └─cli::cli_abort(...)
   63.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:32:3'): computePathways CDMConnector ─────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:32:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:78:3'): includeTreatments ────────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:78:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:122:3'): indexDateOffset ─────────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:122:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:177:3'): minEraDuration ──────────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:177:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:192:3'): splitEventCohorts ───────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:192:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:230:3'): splitTime ───────────────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:230:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:245:3'): eraCollapseSize ─────────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:245:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:277:3'): combinationWindow ───────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:277:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:311:3'): minPostCombinationDuration: 30 ──────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-computePathways.R:311:3
    2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    3. │   └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    4. │     └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    5. │       ├─dplyr::collect(...)
    6. │       └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    7. │         ├─dplyr::collect(x)
    8. │         └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
    9. │           └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   10. │             ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   11. │             └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   13. │               └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 ├─dbplyr::sql_render(...)
   15. │                 └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   16. │                   └─dbplyr::sql_render(...)
   17. │                     ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                     └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   19. │                       ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   20. │                       │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   21. │                       │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   22. │                       │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   23. │                       │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   24. │                       │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   25. │                       │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   26. │                       │         └─dbplyr::is.sql(x)
   27. │                       └─dbplyr::sql_render(...)
   28. │                         ├─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                         └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   30. │                           ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   31. │                           │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   32. │                           │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   33. │                           │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   34. │                           │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   35. │                           │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   36. │                           │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   37. │                           │         └─dbplyr::is.sql(x)
   38. │                           └─dbplyr::sql_render(...)
   39. │                             ├─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                             └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   41. │                               └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   43. │                                   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   44. │                                   └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   45. │                                     ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   46. │                                     └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   49. │                                           └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   50. │                                             └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   51. │                                               ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   52. │                                               │ └─base::withCallingHandlers(...)
   53. │                                               ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   54. │                                               └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   55. │                                                 ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   56. │                                                 └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   59. │                                                       └─base::ifelse(...)
   60. └─base::.handleSimpleError(...)
   61.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   62.     └─cli::cli_abort(...)
   63.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:403:3'): filterTreatments ────────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC() at test-computePathways.R:403:3
    2. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    3. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    4. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    5. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    6. │         ├─dplyr::collect(...)
    7. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    8. │           ├─dplyr::collect(x)
    9. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   10. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   11. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   13. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   16. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   17. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   19. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   20. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   21. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   22. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   23. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   24. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   25. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   26. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   27. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   28. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   30. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   31. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   32. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   33. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   34. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   35. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   36. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   37. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   38. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   39. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   41. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   43. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   44. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   45. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   46. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   49. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   50. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   51. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   52. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   53. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   54. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   55. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   56. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   59. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   60. │                                                         └─base::ifelse(...)
   61. └─base::.handleSimpleError(...)
   62.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   63.     └─cli::cli_abort(...)
   64.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:576:3'): FRFS combination ────────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-computePathways.R:576:3
    2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    3. │   └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    4. │     └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    5. │       ├─dplyr::collect(...)
    6. │       └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    7. │         ├─dplyr::collect(x)
    8. │         └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
    9. │           └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   10. │             ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   11. │             └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   13. │               └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 ├─dbplyr::sql_render(...)
   15. │                 └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   16. │                   └─dbplyr::sql_render(...)
   17. │                     ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                     └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   19. │                       ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   20. │                       │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   21. │                       │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   22. │                       │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   23. │                       │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   24. │                       │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   25. │                       │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   26. │                       │         └─dbplyr::is.sql(x)
   27. │                       └─dbplyr::sql_render(...)
   28. │                         ├─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                         └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   30. │                           ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   31. │                           │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   32. │                           │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   33. │                           │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   34. │                           │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   35. │                           │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   36. │                           │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   37. │                           │         └─dbplyr::is.sql(x)
   38. │                           └─dbplyr::sql_render(...)
   39. │                             ├─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                             └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   41. │                               └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   43. │                                   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   44. │                                   └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   45. │                                     ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   46. │                                     └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   49. │                                           └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   50. │                                             └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   51. │                                               ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   52. │                                               │ └─base::withCallingHandlers(...)
   53. │                                               ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   54. │                                               └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   55. │                                                 ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   56. │                                                 └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   59. │                                                       └─base::ifelse(...)
   60. └─base::.handleSimpleError(...)
   61.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   62.     └─cli::cli_abort(...)
   63.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:629:3'): LRFS combination ────────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─CDMConnector::cdmFromCon(...) at test-computePathways.R:629:3
    2. │ └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    3. │   └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    4. │     └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    5. │       ├─dplyr::collect(...)
    6. │       └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
    7. │         ├─dplyr::collect(x)
    8. │         └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
    9. │           └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   10. │             ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   11. │             └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   12. │               ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   13. │               └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   14. │                 ├─dbplyr::sql_render(...)
   15. │                 └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   16. │                   └─dbplyr::sql_render(...)
   17. │                     ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                     └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   19. │                       ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   20. │                       │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   21. │                       │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   22. │                       │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   23. │                       │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   24. │                       │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   25. │                       │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   26. │                       │         └─dbplyr::is.sql(x)
   27. │                       └─dbplyr::sql_render(...)
   28. │                         ├─dbplyr::sql_render(...)
   29. │                         └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   30. │                           ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   31. │                           │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   32. │                           │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   33. │                           │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   34. │                           │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   35. │                           │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   36. │                           │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   37. │                           │         └─dbplyr::is.sql(x)
   38. │                           └─dbplyr::sql_render(...)
   39. │                             ├─dbplyr::sql_render(...)
   40. │                             └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   41. │                               └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   42. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   43. │                                   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   44. │                                   └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   45. │                                     ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   46. │                                     └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   47. │                                       └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   48. │                                         └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   49. │                                           └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   50. │                                             └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   51. │                                               ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   52. │                                               │ └─base::withCallingHandlers(...)
   53. │                                               ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   54. │                                               └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   55. │                                                 ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   56. │                                                 └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   57. │                                                   └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   58. │                                                     └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   59. │                                                       └─base::ifelse(...)
   60. └─base::.handleSimpleError(...)
   61.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   62.     └─cli::cli_abort(...)
   63.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:662:3'): No target records ───────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─base::suppressWarnings(generateCohortTableCDMC()) at test-computePathways.R:662:3
    2. │ └─base::withCallingHandlers(...)
    3. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC()
    4. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    5. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    6. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    7. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    8. │         ├─dplyr::collect(...)
    9. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
   10. │           ├─dplyr::collect(x)
   11. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   12. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   13. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   14. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   16. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   17. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   19. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   20. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   21. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   22. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   23. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   24. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   25. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   26. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   27. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   28. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   29. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   30. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   31. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   32. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   33. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   34. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   35. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   36. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   37. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   38. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   39. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   40. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   41. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   42. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   43. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   44. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   45. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   46. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   47. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   48. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   49. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   50. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   51. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   52. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   53. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   54. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   55. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   56. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   57. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   58. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   59. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   60. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   61. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   62. │                                                         └─base::ifelse(...)
   63. └─base::.handleSimpleError(...)
   64.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   65.     └─cli::cli_abort(...)
   66.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:682:3'): Empty cohort table ──────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─base::suppressWarnings(generateCohortTableCDMC()) at test-computePathways.R:682:3
    2. │ └─base::withCallingHandlers(...)
    3. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC()
    4. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    5. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    6. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    7. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    8. │         ├─dplyr::collect(...)
    9. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
   10. │           ├─dplyr::collect(x)
   11. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   12. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   13. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   14. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   16. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   17. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   19. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   20. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   21. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   22. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   23. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   24. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   25. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   26. │                         │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   27. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   28. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   29. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   30. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   31. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   32. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   33. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   34. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   35. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   36. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   37. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   38. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   39. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   40. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   41. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   42. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   43. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   44. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   45. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   46. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   47. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
   48. │                                       ├─dbplyr::sql_query_select(...)
   49. │                                       └─dbplyr:::sql_query_select.DBIConnection(...)
   50. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   51. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
   52. │                                             └─purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)
   53. │                                               └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   54. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   55. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   56. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   57. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   58. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   59. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   60. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   61. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
   62. │                                                         └─base::ifelse(...)
   63. └─base::.handleSimpleError(...)
   64.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   65.     └─cli::cli_abort(...)
   66.       └─rlang::abort(...)
  ── Error ('test-computePathways.R:704:3'): No target defined ───────────────────
  <purrr_error_indexed/rlang_error/error/condition>
  Error in `purrr::map(clauses, sql_format_clause, lvl = lvl, con = con)`: i In index: 1.
  Caused by error in `ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]`:
  ! Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'
  Backtrace:
       ▆
    1. ├─base::suppressWarnings(generateCohortTableCDMC()) at test-computePathways.R:704:3
    2. │ └─base::withCallingHandlers(...)
    3. ├─TreatmentPatterns:::generateCohortTableCDMC()
    4. │ └─CDMConnector::cdmFromCon(con = con, cdmSchema = "main", writeSchema = "main") at D:\RCompile\CRANpkg\local\4.6\TreatmentPatterns.Rcheck\tests\testthat\helper-generateCohortTableCDMC.R:10:5
    5. │   └─omopgenerics::newCdmReference(...)
    6. │     └─omopgenerics:::validateCdmReference(cdm, soft = .softValidation)
    7. │       └─omopgenerics:::checkOverlapObservation(cdm$observation_period)
    8. │         ├─dplyr::collect(...)
    9. │         └─omopgenerics:::collect.cdm_table(...)
   10. │           ├─dplyr::collect(x)
   11. │           └─dbplyr:::collect.tbl_sql(x)
   12. │             └─dbplyr::db_sql_render(x$src$con, x, cte = cte)
   13. │               ├─dbplyr::db_sql_render(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   14. │               └─dbplyr:::db_sql_render.DBIConnection(con, sql, ..., sql_options = sql_options)
   15. │                 ├─dbplyr::sql_render(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   16. │                 └─dbplyr:::sql_render.tbl_lazy(sql, con = con, ..., sql_options = sql_options)
   17. │                   ├─dbplyr::sql_render(...)
   18. │                   └─dbplyr:::sql_render.lazy_query(...)
   19. │                     └─dbplyr::sql_render(...)
   20. │                       ├─dbplyr::sql_render(...)
   21. │                       └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   22. │                         ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   23. │                         │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   24. │                         │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   25. │                         │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
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   27. │                         │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   28. │                         │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   29. │                         │         └─dbplyr::is.sql(x)
   30. │                         └─dbplyr::sql_render(...)
   31. │                           ├─dbplyr::sql_render(...)
   32. │                           └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   33. │                             ├─dbplyr:::dbplyr_sql_subquery(...)
   34. │                             │ └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_subquery", ...)
   35. │                             │   ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   36. │                             │   └─dbplyr:::sql_subquery.DBIConnection(con, ...)
   37. │                             │     ├─dbplyr::sql_query_wrap(con, from = from, name = name, ..., lvl = lvl)
   38. │                             │     └─dbplyr:::sql_query_wrap.DBIConnection(...)
   39. │                             │       └─dbplyr:::as_table_source(from, con)
   40. │                             │         └─dbplyr::is.sql(x)
   41. │                             └─dbplyr::sql_render(...)
   42. │                               ├─dbplyr::sql_render(...)
   43. │                               └─dbplyr:::sql_render.select_query(...)
   44. │                                 └─dbplyr:::dbplyr_query_select(...)
   45. │                                   └─dbplyr:::dbplyr_fallback(con, "sql_select", ...)
   46. │                                     ├─rlang::eval_bare(expr((!!fun)(con, ...)))
   47. │                                     └─dbplyr:::sql_select.DBIConnection(con, ...)
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   50. │                                         └─dbplyr:::sql_select_clauses(...)
   51. │                                           └─dbplyr:::sql_format_clauses(out, lvl, con)
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   54. │                                                 ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   55. │                                                 │ └─base::withCallingHandlers(...)
   56. │                                                 ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   57. │                                                 └─dbplyr (local) .f(.x[[i]], ...)
   58. │                                                   ├─dbplyr::escape(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   59. │                                                   └─dbplyr:::escape.sql(x$parts, collapse = paste0(x$sep, " "), con = con)
   60. │                                                     └─dbplyr::sql_vector(x, isTRUE(parens), collapse, con = con)
   61. │                                                       └─dbplyr:::names_to_as(x, con = con)
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   63. └─base::.handleSimpleError(...)
   64.   └─purrr (local) h(simpleError(msg, call))
   65.     └─cli::cli_abort(...)
   66.       └─rlang::abort(...)
  
  [ FAIL 21 | WARN 0 | SKIP 61 | PASS 83 ]
  Error: Test failures
  Execution halted